Sin embargo, no todos los integrantes del Virreinato del Río de la Plata reconocieron a la Junta de Buenos Aires, lo que generó tensiones y conflictos.

Francisco Javier de Elío, nacido el 5 de marzo de 1767 en Pamplona, España, fue un militar que ejerció como gobernador de Montevideo desde 1807 y hasta el momento del quiebre institucional rioplatense. Su lealtad a la corona española y su rechazo a las ideas independentistas fueron premiadas por la Junta de Cádiz, que lo designó como virrey del Río de la Plata en 1810, aunque solo ejerció sus facultades como tal en la Banda Oriental, no sij encontrar allí también una fuerte resistencia.

El gobierno de Buenos Aires más los diputados del interior -llamado Junta Grande- desconoció su legitimidad. El flamante virrey respondió proclamando a la ciudad de Montevideo como nueva capital virreinal, el 19 de enero de 1811. Menos de un mes después el Elío subió la apuesta y le declaró la guerra a la junta porteña. El militar consideraba que la Junta de Buenos Aires era ilegítima y que su autoridad no debía ser respetada.

Pero de Elío también tenía problemas en el frente interno. Los orientales se hicieron oír el 27 de febrero en los hechos que pasaron a la historia como el Grito se Ascencio, liderados por Pedro José Viera y Venancio Benavides. La tensión fue en aumento y llegó a su punto culminante el 18 de mayo de 1811, en la batalla de Las Piedras, donde las tropas de José Gervasio Artigas, que ya asomaba como el caudillo oriental, vencieron a los hombres del virrey, que se vio su poder reducido a Colonia del Sacramento y a Montevideo.

Cuando parecía que Elío lo había perdido todo, el 20 de octubre de 1811 firmó un armisticio con el gobierno porteño. El acuerdo reconocía el dominio español en la Banda Oriental y las ciudades entrerrianas de Gualeguaychú, Gualeguay y Arroyo de la China, actualmente conocida como Concepción del Uruguay.

Este acuerdo dio lugar al largo conflicto que enfrentó a la Junta porteña con José Gervasio Artigas, que se extendió hasta la derrota definitiva del líder, que lo llevó a su largo exilio en Paraguay.

Por su parte Elío volvió a España al mes siguiente, no sin antes ordenar que el asentamiento español en las islas Malvinas sea abandonado. Elío continuó su carrera militar en su tierra, pero esa es otra historia.