Pero su vida estaba en el escenario. Ingresó al Teatro Nacional Cervantes en 1951. Al año siguiente la contrató el empresario Emilio Redondo para hacer una gira por el interior. En 1953 compartió compañía artística con Haydeé Padilla en una gira por Uruguay y en 1955 se sumó al cuerpo de ballet Faustino García llevó a Chile, Colombia, Perú y Panamá. Es allí donde su destino cambió radicalmente cuando conoció al expresidente Juan Domingo Perón, por entonces exiliado. En 1961 se casaron en España, donde se instalaron después de haber estado también en República Dominicana y Venezuela.

Los años que Perón vivió en el exilio no los pasó en el ostracismo. Por el contrario, el meridiano político argentino estuvo siempre por donde pasaba el viejo líder justicialista. Además de ser su esposa, Isabel fue su discípula. En 1964 un grupo de sindicalistas organizó un operativo de retorno de Perón al país, pero por la presión ejercida por el gobierno radical -de legitimidad dudosa porque no puede ser legítimo un gobierno elegido en una elección con proscripciones- de Artiro Illia, el General fue detenido en Brasil y enviado de vuelta a España. Isabel estuvo allí.

En 1973 el regreso triunfal de Perón a Argentina también trajo a Isabelita al centro de la escena. Luego de varias idas y vueltas que incluyeron una posible fórmula Perón-Balbín, peronistas y radicales fueron a las elecciones por separado. El fundador del justicialismo fue elegido presidente y su esposa, vicepresidente. Tras la muerte de Perón, el 1 de julio de 1974, Isabelita asumió la presidencia.

El mandato de "la concubina", como la llamaban sus detractores, no estuvo exento de controversias. José López Rega, un oscuro policía devenido en ministro de Bienestar Social y hombre de confianza, ejerció una influencia significativa sobre su gobierno. La "Triple A", un grupo paramilitar creado por el ex agente del orden fue responsable de numerosos actos de represión y violencia contra opositores políticos.

Esta situación, junto con la creciente inestabilidad económica que terminó en la mega devaluación que pasó a la historia como el Rodrigazo, socavó la popularidad del tercer gobierno peronista. Otra mácula de la cuál el peronismo no puede desmarcarse, aún después de medio siglo, es el decreto autorizando el accionar militar en la lucha antisubversiva.

A pesar de los problemas, su gobierno tuvo logros notables: Estatización de los canales de televisión, nacionalización de las bocas de expendio de combustibles, sanción de la Ley de Contrato de Trabajo e indicadores económicos que daban cuenta de un pais fabriquero a tres turnos, en el que la deuda externa no era un problema, lo cuál se traducía en pleno empleo y en índices de pobreza casi inexistentes.

La madrugada del 24 de marzo de 1976 el Proceso de Reorganización Nacional la derrocó. Isabel fue arrestada y puesta en confinamiento durante cinco años. A pesar de su encarcelamiento la expresidente no cedió a la constante presión castrense para que confiese delitos que no había cometido.

Sus días en prisión terminaron en 1981. Al recuperar la libertad Isabel se exilió en España, donde vivió una vida relativamente tranquila y alejada de la política activa hasta la actualidad. En 1984 regresó temporalmente a Argentina para apoyar el pacto institucional con el presidente Raúl Alfonsín, pero decidió no quedarse en el país, pero eso no le impidió venir de visita de vez en cuando.