Los violentos se ensañaron, principalmente, con las facultades de Ciencias Exactas y Naturales y con Filosofía y Letras. Los efectivos policiales, armados con bastones largos, golpearon sin piedad a autoridades universitarias, estudiantes, profesores y graduados. Rolando García, decano de Ciencias Exactas, intentó frenar a la Policía: "¿Cómo se atreve a cometer este atropello? Todavía soy el decano de esta casa de estudios" dijo. La respuesta fue un palazo en la cabeza. La barbarie policial destruyó aulas y laboratorios. 400 personas resultaron detenidas. Al día siguiente el diario Clarín informó que "los detenidos fueron obligados a pasar con los brazos en alto entre dos filas de agentes, que los golpearon con bastones de goma".

Las consecuencias fue un enorme apagón intelectual. Cientos de profesores fueron despedidos, renunciaron o abandonaron el país. Un total de 300 docentes emigraron. La mayoría obtuvo cargos docentes en universidades del continente. Canadá, Chile, Estados Unidos y Puerto Rico los recibieron de buena gana. Otros se fueron a Europa. El exilio masivo afectó duramente a la comunidad universitaria.

En su edición del 9 de agosto de 1966 la revista Primera Plana dió cuenta que "el éxodo ha quitado a la UBA un puñado de maestros cuyo reemplazo será arduo y quizá insatisfactorio. Manuel Sadosky, el ex vicedecano de Ciencias Exactas explicó los motivos de su alejamiento: 'Después de lo ocurrido el 29 a la noche no hay razón para quedarse. Esto es un verdadera amputación a nuestro futuro'".

La Noche de los Bastones Largos fue el origen de una frase del ingenio popular que trascendió a lo largo de generaciones. Alguien tuvo una idea que fue capaz de marcar la distancia entre una persona dedicada al estudio y otra carente de modales, ignorante de cuestiones verdaderamente profundas y cuyo único argumento es el uso de la fuerza bruta y la violencia. "Estudia, no seas policía" es una exhortación a la juventud para que tome el camino intelectual y se aleje de la brutalidad, propia de mentes mediocres.

A pesar de la represión, la memoria de aquellos que sufrieron, la Universidad de Buenos Aires y otras instituciones educativas continúan defendiendo su autonomía y promoviendo la excelencia académica. La Noche de los Bastones Largos es el símbolo de una época nefasta, en la que la democracia, la cultura y la educación eran pisoteadas por las botas, dirigidas por personal superior de un intelecto lamentable.

Algunos de los académicos que tuvieron que irse fueron:

• Sergio Bagú, historiador y sociólogo.
• Adolfo Rafael Chamorro, arquitecto, decano de la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de La Plata, quien fuera profesor titular de la cátedra de Construcciones, en la Universidad de Buenos Aires.
• Risieri Frondizi, filósofo y exrector de la UBA.
• Rolando García, epistemólogo, físico, meteorólogo, fue el decano que enfrentó la toma de la Facultad de Ciencias Exactas. En el exilio desarrolló la epistemología genética, junto a Jean Piaget.
• Catherine Gattegno Cesarsky, astrónoma.
• Félix González Bonorino, geólogo.
• Tulio Halperín Donghi, historiador de América Latina.
• Amílcar Herrera, geólogo.
• David Jacovkis, egresado y doctorado en química por la Facultad de Ciencias Exactas de la UBA.
• Eugenia Kalnay, meteoróloga.
• Gregorio Klimovsky, epistemólogo.
• Telma Reca, médica psiquiatra Infantojuvenil, directora del Instituto de Psicología Evolutiva, cesanteada.
• Juan G. Roederer, físico a cargo del Instituto de Radiación Cósmica.
• Manuel Sadosky, precursor de la computación en el país.
• Mariana Weissmann, física atómica.