En 1933 participó de la revolución radical de raigambre yrigoyenista, dirigida por el teniente coronel Gregorio Pomar. La insurrección fracasó y Scalabrini fue desterrado a Europa. El exilio forzado le sirvió para afianzar una idea que lo obsesionó desde siempre: pensar a la Argentina como parte del imperio británico. Llegó a ese punto de convencimiento al leer los diarios europeos, que valoraban de esa forma a nuestro país.

De regreso a la Argentina se dedicó de lleno a la investigación socioeconómica e histórica nacional, con una mirada crítica y original que lo llevó a descubrir las verdaderas causas de la dependencia y el atraso de la Argentina. Sus obras más importantes de este período son: Política británica en el Río de la Plata; Bases para la reconstrucción nacional; Historia de los ferrocarriles argentinos y El hombre que está solo y espera.

En 1935 junto con Arturo Jauretche, Homero Manzi, Gabriel del Mazo, Luis Dellepiane y otros jóvenes radicales, fundó FORJA (Fuerza de Orientación Radical de la Joven Argentina), un grupo que se opuso a la política entreguista y fraudulenta de la llamada Década Infame. Desde FORJA, Scalabrini Ortiz denunció el papel nefasto de las empresas británicas que controlaban los servicios públicos, el comercio exterior y la deuda externa de la Argentina. También reivindicó la figura de Hipólito Yrigoyen y la necesidad de una revolución nacional y popular.

En 1945 se acercó al peronismo, al que consideró una expresión genuina del pueblo argentino y una oportunidad histórica para la liberación nacional. Describió como nadie los hechos del 17 de octubre: "Era el subsuelo de la Patria sublevado... Éramos briznas de multitud y el alma de todos nos redimía. Presentía que la historia estaba pasando junto a nosotros y nos acariciaba suavemente, como la brisa fresca del río. Lo que yo había soñado e intuido durante muchos años estaba allí presente, corpóreo, tenso, multifacético, pero único en el espíritu conjunto. Eran los hombres que están solos y esperan que iniciasen sus tareas de reivindicación. El espíritu de la tierra estaba presente como nunca creí verlo".

Apoyó al primer gobierno de Juan Domingo Perón, sin embargo nunca tuvo cargos en el gobierno y mantuvo una posición crítica e independiente. Después del derrocamiento del gobierno en 1955, Scalabrini Ortiz se sumó a la resistencia peronista y participó activamente en la revista Qué, fundada por Baltazar Jaramillo y Rogelio Julio Frigerio en 1946. Desde allí, criticó duramente al régimen de la Revolución Libertadora y defendió los ideales del justicialismo. En dicha publicación escribió artículos memorables sobre la situación nacional y el rol de los intelectuales.

Su salud se deterioró progresivamente debido a una enfermedad pulmonar que lo aquejaba desde hacía años. Murió el 30 de mayo de 1959 en Buenos Aires, a los 61 años, rodeado de su esposa Mercedes Comaleras y sus cinco hijos. Su legado intelectual y moral sigue vigente y es una fuente de inspiración para todos los que sueñan con una Argentina libre, justa y soberana.

El expresidente Perón envió sus condolencias a la viuda del destacado intelectual a través de una sentida carta:

“Mi estimada Señora:

A pesar de haber encargado a algunos de mis compañeros que me hicieran espiritualmente presente en el acto de sepelio de su ilustre esposo, deseo hacerle llegar mi homenaje, mi recuerdo y mi más sentido pésame por la desaparición de este gran argentino.

Los que hemos luchado por los ideales que inspiraron la vida de Scalabrini Ortiz no podremos olvidarlo, como no lo olvidarán las generaciones de argentinos que escucharon sus enseñanzas y lucharán por hacerlas triunfar en el tiempo y en el espacio.

Dios ha de acogerlo en la gloria que su gran espíritu conquistó y nosotros hemos de honrar su memoria y amistad.

Le ruego quiera aceptar, con la expresión de mi mayor afecto, mi más afectuoso saludo y consideración.

Juan Domingo Perón.”