Sus padres fueron Salvatore Ingegnieri, de profesión periodista, y Mariana Tagliavia. Desde niño José se sintió llamado a seguir los pasos del padre. En 1888 ingresó al Colegio Nacional Buenos Aires y al egresar del mismo, en 1892, dió origen al periódico "La Reforma". Al año siguiente comenzó a estudiar medicina en la Universidad de Buenos Aires. Cuatro años después se convirtió en farmacéutico.

Para recibir su título debió realizar una tesis que llevó por título "Simulación en la lucha por la vida". En 1903 la Academia Nacional de Medicina decidió imprimirla en formato de libro. En paralelo, la Universidad de Buenos Aires lo nombró docente suplente la cátedra de Psicología Experimental, en Filosofía y Letras. En 1908 fue confirmado como titularla de la asignatura. En 1909 presidió la Sociedad Médica Argentina y representó al país en el Congreso Científico Internacional, celebrado ese mismo año en Buenos Aires.

Antes de ser una eminencia académica, en 1897 fundó el diario La Montaña, una plataforma que buscaba promover ideas progresistas. En ese proyecto trabajó con Leopoldo Lugones. La relación de Ingenieros con las letras fue muy fructífera. Entre sus obras más destacadas se encuentran "La evolución de las ideas argentinas" y "El hombre mediocre", textos que reflejan su profundo análisis de la sociedad y la cultura argentina.

Pero hubo un evento en su vida profesional que lo colocó en las ligas mayores. En 1918 accedió al cargo de vicedecano de la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad de Buenos Aires, con apoyo de los alumnos. Al poco tiempo dejó de lado la actividad docente y se metió de lleno en la arena política. En 1920 se acercó al comunismo.

Sus últimos años fueron de intenso trabajo. En 1922 fue impulsor de la Unión Panamericana, un espacio de pensamiento opuesto al imperialismo. Ingenieros sostuvo esa marcada posición política hasta su muerte. En 1925 escribió bajo los seudónimos Julio Barreda Lynch y Raúl H. Cisneros, en la publicación mensual "Renovación", artículos en los que exponía sus ideas. En sus últimos meses su evolución política lo acercó al anarquismo, cuestión que se hizo evidente en sus artículos.

La muerte lo sorprendió el 31 de octubre de 1925, tempranamente, a los 48 años. Una meningitis grave que los médicos no pudieron controlar se cobró la vida de este intelectual, cuando todavía tenía mucho para ofrecer. Dejó una importante obra que sigue siendo de consulta necesaria para entender cómo vivía y pensaba la sociedad argentina de su tiempo.