Un decreto de 1944 del por entonces Ministro de Trabajo y Previsión Juan Domingo Perón, dispuso la donación de varios lotes de la zona de Puerto Nuevo, que fueron transferidos a la Unión Ferroviaria y a La Fraternidad con destino a la construcción del Policlínico Ferroviario Central, el cual comenzó la atención en consultorios externos en 1952, y se inauguró definitivamente dos años después, el 20 de abril de 1954, con un discurso del presidente Juan Domingo Perón.

El Policlínico Ferroviario es un edificio de nueve pisos y más de 10.000 metros cuadrados, construida por la Dirección General de Asistencia y Previsión Social, que supo tener casi 700 camas para atender a casi 225.000 afiliados de la obra social de los ferroviarios. Se habilitó el 20 de abril de 1954 con 660 camas, luego con los años llegó a contar con más de 700 camas. Es muy importante señalar que el policlínico fue hospital escuela donde los estudiantes hacían sus residencias. Por el aporte de varios médicos que trabajaron en el hospital todos coincidieron en señalar el avance tecnológico entre los más modernos del continente. Fue el primer hospital que contó con una bomba de circulación extracorpórea para operaciones de pulmón traída de Brasil. Asistió a más de 300 pacientes en forma simultánea y fue sede de encuentros internacionales sobre medicina.

El Policlínico Central Ferroviario se abrió con 660 camas, siendo uno de los policlínicos más grandes construidos en el país.

Con el derrocamiento del gobierno Constitucional de J.D Perón el hospital sería saqueado por los llamados comandos civiles, grupos paramilitares antiperonistas. En octubre de 1955 mediante un decreto del dictador Eduardo Lonardi parte de los terrenos del Policlínico serían expropiados forzosamente y entregados gratuitamente al patrimonio Jockey Club y otro tanto a la familia Villada Achával, de la esposa del dictador, denunciándose negociados inmobiliarios espurios por parte de los Achával con terrenos públicos con anuencia de Lonardi.​ A fines de la década de los 80 durante el mandato de Raúl Alfonsín el Policlínico entró en decadencia tras la designación de Alejandro Armendáriz, al frente del PAMI denunciándose durante su gestión el desvío de fondos destinados al policlínico y la contratación de prestadoras médicas fantasmas propiedad de legisladores de la UCR que desvían los aportes.​